Nowosibirsk ist in zehn Distrikte aufgeteilt, davon sieben auf der rechten Seite des Ob:
Zentralny (Центральный, Stadtzentrum)
Schelesnodoroschny (Железнодорожный, Bahnhofsviertel, westlich des Zentrums)
Oktjabrski (Октябрьский, südlich des Zentrums)
Dserschinski (Дзержинский, östlich des Zentrums)
Kalininski (Калининский, nördlich des Zentrums)
Sajelzowski (Заельцовский, nördlich des Zentrums)
Perwomaiski (Первомайский, Vorstadt südlich des Stadtgebiets)
Links des Ob befinden sich zwei weitere Stadtteile:
Leninski (Ленинский, nördlicher Teil mit zweitem Stadtzentrum)
Kirowski (Кировский, südlicher Teil)
Der Sowjetski Distrikt (Советский) liegt links und rechts des Ob am nördlichen Ufer des Ob-Stausees, etwa 20 Kilometer südlich der eigentlichen Stadt. Die Akademikerstadt Akademgorodok zählt zum Sowjetski Distrikt. Ein zweites wissenschaftliches Zentrum, Krasnoobsk, in welchem vor allem landwirtschaftliche Institute ihren Sitz haben, liegt nahe Nowosibirsk, ist aber nicht Teil des Stadtgebiets. Auch die Siedlung Kolzowo – ein Technologiezentrum – gehört verwaltungstechnisch nicht zur Stadt