Das Gebiet des späteren Nürnbergs gehörte ursprünglich zum Bistum Eichstätt, ab 1016 wurde das Gebiet nördlich der Pegnitz dem Bistum Bamberg zugeordnet. 1525 führte die Reichsstadt Nürnberg die Reformation nach lutherischem Bekenntnis ein. Danach blieb sie über Jahrhunderte eine protestantische Stadt. Lediglich das exterritoriale Gebiet der Deutschordensniederlassung blieb katholisch. Nach dem Übergang der Stadt an Bayern 1808 wurde die Bevölkerung Teil der Protestantischen Kirche des Königreichs Bayern, die zunächst lutherische und reformierte Gemeinden umfasste. Im gleichen Jahr wurde das Generaldekanat, 1810 das Dekanat Nürnberg und 1934 der Kirchenkreis Nürnberg errichtet. Die Kirchengemeinden der Stadt Nürnberg gehören heute zum Dekanat Nürnberg, das mit vier Prodekanaten (Nürnberg-Mitte, -Nord, -Ost, -West) geführt wird.
Seit dem 19. Jahrhundert gab es auch für die reformierten Gemeindeglieder eine eigene Gemeinde, die 1853 zusammen den anderen reformierten Gemeinden Bayerns eine eigene Synode erhielt. 1919 trennten sich die reformierten Gemeinden formell von der Protestantischen Kirche Bayerns. Seither gab es in Bayern zwei protestantische Landeskirchen, die Evangelisch-Lutherische Kirche in Bayern und die „Reformierte Synode in Bayern rechts des Rheins“, die sich seit 1949 Evangelisch-reformierte Kirche in Bayern nannte und heute Teil der Evangelisch-reformierten Kirche - Synode evangelisch-reformierter Kirchen in Bayern und Nordwestdeutschland (Synodalverband XI) ist.
Spätestens seit dem 18. Jahrhundert nahm die Zahl der Katholiken in der Stadt wieder zu. Im Jahre 1810 entstand die erste katholische Gemeinde in Nürnberg seit der Reformation. Sie erhielt 1816 die Frauenkirche zur dauerhaften Nutzung. Seither entstanden weitere Gemeinden. Insbesondere durch die Eingliederung katholischer Vororte nach Nürnberg wuchs ihr Anteil im 20. Jahrhundert auf ein Drittel der Bevölkerung. Die Pfarrgemeinden der Stadt gehören überwiegend zum Dekanat Nürnberg des Erzbistums Bamberg. Die Pfarreien in den südlichen Stadtteilen gehören zum Dekanat Nürnberg-Süd des Bistums Eichstätt.
Neben den Landeskirchen gibt es eine Vielzahl an Freikirchen in Nürnberg.