Peschawar wurde vor über 2.000 Jahren von den Königen von Gandhara gegründet und ist seit Jahrhunderten ein Handelszentrum zwischen dem indischen Subkontinent, Afghanistan, und Zentralasien. Die Stadt war die östliche Hauptstadt des Kuschanreiches unter Kanishka. Dieser König errichtet hier die mit ca. 120 m Höhe damals größte Stupa, die von dem Baumeister Agischala erbaut wurde. Marco Polo besuchte die Stadt 1275. 1530 erbaute Babur, der Gründer des Mogulreiches, eine Festung. Später wurde durch den Bau der Delhi-Kabul-Straße und durch das Anlegen von Gärten unter dem Mogulherrscher Sher Shah Suri ein regelrechter Boom Peschawars eingeleitet.
Im Jahre 1834 fielen die Sikhs unter Maharaja Ranjit Singh in Peschawar ein, und setzten große Teile der Stadt in Brand. Über 30 Jahre regierten die Sikhs über Peshawar. Nach zerfallen des Sikhreiches wegen Streitigkeiten in der Familie des Maharajas,übernahmen die Briten die Kontrolle über die Stadt.
Vor den Terroranschlägen des 11. Septembers unterhielt Osama Bin Laden hier ein Gästehaus, in dem unter anderem seine Terrorkämpfer untergebracht wurden. Nach Angaben des saudi-arabischen Dissidenten Saad Al-Faqih ist die Gästeliste dieses Hauses der Ursprung des Begriffs Al Qaida.