Die Stadt liegt am Indischen Ozean an der Algoa Bay, 770 Kilometer östlich von Kapstadt und 60 Meter über dem Meeresspiegel. Sie erstreckt sich über 16 Kilometer entlang der Küste. Bekannt sind die weitläufigen, weißen Sandstrände, wie King's, Humewood, Hobie und Pollock, die mitunter mitten in der Stadt liegen. Die Stadt wird in Südafrika sowohl als "the Windy City" (windige Stadt), als auch als "the Friendly City" (freundliche Stadt) benannt. Port Elizabeth liegt an der Fernstraße N2, die von Kapstadt nach Durban immer mehr oder weniger dem Küstenverlauf folgt und ist an das südafrikanische Schienennetz angeschlossen.