Der Hafen von Port Elizabeth ist wirtschaftlicher Mittelpunkt der Provinz und drittgrößter Hafen von Südafrika. Ein zweiter Seehafen ist seit 2006 etwa 20 km nördlich der Stadt bei Coega im Bau und soll in naher Zukunft den wirtschaftlichen Aufschwung in der Region weiter ankurbeln.
Port Elizabeth ist auch Schwerpunkt der südafrikanischen Autoindustrie und wird auch das „Detroit Südafrikas“ genannt. Im Vorort Uitenhage befindet sich ein Werk des Volkswagen-Konzerns, mit 20.000 Beschäftigten das größte in ganz Afrika. Neben VW haben sich auch General Motors, Ford, Continental, Johnson & Johnson und etliche andere Hersteller und Zulieferer in der Gegend angesiedelt. Zur Industrielandschaft der Stadt zählen auch die zahlreichen Webereien.
Der Flughafen von Port Elizabeth (IATA: PLZ, ICAO: FAPE) wurde 2004 modernisiert und erweitert, um bis zu 2 Millionen Passagiere jährlich abfertigen zu können. Da Port Elizabeth (noch) keine eigene Zollabfertigung hat müssen internationale Passagiere in Johannesburg, Kapstadt oder George umsteigen. Alle größeren Flughäfen Südafrikas werden regelmäßig im Liniendienst angeflogen. Für die Fußball-WM 2010 ist ein weiterer Ausbau der Startbahn geplant, um den Flughafen auch direkt aus Europa und Übersee anfliegen zu können.
Mit seinem reichen Wassersportangebot zieht Port Elizabeth jedes Jahr zahlreiche Touristen aus dem In- und Ausland an.