Die 1912 von den Briten gegründete Stadt wurde auf dem Stammesgebiet der Ijaw errichtet. Benannt ist sie nach Lewis Vernon Harcourt, 1st Viscount Harcourt, dem britischen Staatssekretär für Kolonialwesen von 1910-1915.
Im Jahr 1995 richtete man den Schriftsteller und Bürgerrechtler Ken Saro-Wiwa in Port Harcourt hin.
Die jüngste Geschichte der Stadt wird von Gewalt geprägt. So gab es heftige Schusswechsel zwischen verschiedenen Gruppen und mit der Polizei. Dabei waren Dutzende Todesopfer zu beklagen.