Die Organe der Hauptstadt Prag sind: Stadtvertretung (Zastupitelstvo hlavního města Prahy), Stadtrat (Rada) und Oberbürgermeister (Primátor). Die siebzigköpfige Stadtvertretung wird in den allgemeinen Kommunalwahlen per Verhältniswahl gewählt. Diese wählt danach aus eigenen Reihen den elfköpfigen Stadtrat und den Primátor. Der Primátor ist das Stadtoberhaupt.
Seit der Verwaltungsreform von 2000 ist das Stadtgebiet Prags eine selbstständige höhere selbstverwaltende Gebietseinheit und steht so den weiteren 13 Regionen (Kraj) Tschechiens gleich. Der Primátor Prags erfüllt sogleich die Aufgaben des Hauptmanns einer Region.
Jede Verordnung und der Etat der Stadt müssen durch die Stadtvertretung verabschiedet werden. Das Stadtverwaltungsamt ist das Magistrat. Seine Aufgabenbereiche sind die Selbstverwaltung der Stadt auf Gesamtebene und Ausführung der übertragenen Staatsgewalt, sobald diese nicht den kleineren Selbstverwaltungseinheiten zusteht.
Ab dem 1. 7. 2001 wird die Stadt in 57 Stadtteile (městská část) und 22 Verwaltungsbezirke (správní obvod) geteilt. Die Verwaltung der einzelnen Stadtteile wird Stadtteilbehörde genannt (z. B. Úřad městské části Praha 1). Die Stadtteile verfügen im Rahmen der Selbstverwaltung über ähnliche Strukturen wie die ganze Stadt: Stadtteilvertretung, Rat und Bürgermeister.
Die Stadtteile sind mit anderen in 22 Verwaltungsbezirke zusammengeschlossen (manche Stadtteile bilden den Verwaltungsbezirk nur allein). In diesen Verwaltungsbezirken befindet sich immer eine Stadtteilbehörde, welche schwierigere Verwaltungsaufgaben für alle Stadtteile im Verwaltungsbezirk übernimmt. Man nennt diese Behörden auch Zuständige Behörden (pověřený úřad).