Prag ist ein europäischer Verkehrsknotenpunkt. Fast alle Verkehrswege in Böhmen bündeln sich in der Stadt. Im Westen befindet sich eine Autobahnanbindung, die über Pilsen (Plzeň) in Richtung Nürnberg führt, und im Osten über Brünn (Brno) bis Bratislava (Pressburg). In nördlicher Richtung existiert eine Autobahn bis nach Lovosice (Lobositz). Sie wird derzeit in Richtung Dresden weitergebaut. Am 21. Dezember 2006 wurde ein weiteres Teilstück zwischen Ustí nad Labem und der tschechisch-deutschen Grenze eröffnet. Dort schließt die D8 an die deutsche A 17 an.
Wichtigste Bahnhöfe sind der Hauptbahnhof (Praha hlavní nádraží, hl. n.), Holešovice, Smíchov und Masarykovo nádraží (Masaryk-Bahnhof). Der Prager Flughafen befindet sich in Ruzyně im Nordwesten der Stadt. Außerdem besitzt Prag einen Moldauhafen.