Neben der ältesten Universität in Mitteleuropa, der 1348 gegründeten Karls-Universität Prag wurde 1707 in der Stadt die erste Technische Hochschule des Landes gegründet aus der die Tschechische Agraruniversität Prag hervorging. Heute existieren hier noch fünf weitere Hochschulen, insbesondere für Kunst oder Musik, sowie eine Vielzahl von Schulen sowie weiteren öffentlichen und privaten Bildungseinrichtungen. Auch die Tschechische Akademie der Wissenschaften, deren Ursprünge bis in das Jahr 1784 zurückreichen, hat ihren Sitz in Prag. Die zahlreichen Forschungsinstitute sind über das ganze Stadtgebiet verteilt. Der Architekt Jan Kaplický baut in Prag bis 2011 die neue Nationalbibliothek, im Volksmund "Fliegenpilz" genannt.