Die Stadt beherbergt eine Vielzahl von Museen. Das älteste, größte und wohl auch bekannteste ist das Nationalmuseum (Národní muzeum) mit seinem weithin sichtbaren Hauptgebäude an der südöstlichen Schmalseite des Wenzelsplatzes. Innerhalb des Prager Stadtgebietes gehören weiterhin u. a. das Historische Museum im Lobkowitz-Palast (Lobkowický palác) in der Prager Burg (nicht zu verwechseln mit der gleichnamigen Residenz der deutschen Botschaft in der Kleinseite), das Lapidarium (Lapidárium) im Ausstellungsgelände Výstaviště, das Antonín-Dvořák-Museum (Muzeum Antonína Dvořáka) in der Villa Amerika und das Bedřich-Smetana-Museum (Muzeum Bedřicha Smetany) in einem ehemaligen Wasserwerk in der Nähe der Karlsbrücke dazu.
Die Ausstellungen der Nationalgalerie (Národní galerie v Praze) verteilen sich ebenso über das gesamte Stadtgelände, sie finden sich u. a. im Agneskloster (Klášter svaté Anežky České, Kunst des Mittelalters), im Palais Sternberg (Šternberský palác, Kunst vom 14. bis 18. Jahrhundert) unweit der Prager Burg und im Ausstellungspalast (Veletržní palác, Kunst vom 19. Jahrhundert bis zur Gegenwart) im Stadtteil Holešovice.
Die Geschichte der Stadt zeigt das Museum der Hauptstadt Prag (Muzeum hlavního města Prahy) in der Nähe des Busbahnhofs Florenc. Weithin bekannt sind auch das Mucha-Museum (Muchovo muzeum) unweit des Prager Hauptpostamts und das Jüdische Museum (Židovské Muzeum v Praze) mit seinen verschiedenen Einrichtungen im Stadtteil Josefov (Prag). In der Villa Bertramka (Vila Bertramka) im Stadtteil Smichóv informiert eine Ausstellung über das Leben und Werk Wolfgang Amadeus Mozarts in Prag und das der Musikerfamilie Dušek. Zu den ausgefalleneren Museen gehört sicher das Biermuseum der Brauerei Staropramen, ebenfalls in Smichóv.