Als Tshwanes Flughafen fungiert der Johannesburg International Airport, der etwas 45 km südöstlich des Stadt liegt. Von dort kann man sich mit dem Impala-Bus in etwa einer Stunde nach Tshwane bringen lassen. Der Hauptbahnhof der Stadt liegt am Südrand des Stadtzentrums. Er wird unter anderem von den Johannesburger Vorortzügen bedient. Das Blue IQ Project der Provinzregierung von Gauteng plant jedoch, rechtzeitig zur Fußball-Weltmeisterschaft 2010 den Bau eines Hochgeschwindigkeits-Nahverkehrszuges fertigzustellen. Dieser soll zwischen Johannesburg und Pretoria als Nord-Süd-Achse entlang der Autobahn N1 und Sandton und dem Flughafen in Ost-West-Richtung verlaufen. Täglich sollen bis zu 160.000 Passagiere befördert werden können. Nach aktuellen Aussagen der Provinzregierung wird bis zur WM 2010 aufgrund von Verzögerungen nur der Abschnitt zwischen dem O.R. Tambo Flughafen (ehem. Johannesburg International) und Johannesburg vollendet sein.
Die wichtigste Autobahn in Pretoria ist die N1-Ostumfahrung, die Johannesburg mit Polokwane (Pietersburg) verbindet. Sie führt durch die wohlhabenden östlichen Vororte des Großraums. Die zweite bedeutende Autobahn ist die N4. Sie ist eine gebührenpflichtige Straße und verbindet Pretoria mit Witbank und Maputo (Mosambik) im Osten und Rustenburg und Gaborone (Botswana) im Westen. Weitere Autobahnen im Stadtgebiet sind die N14 Richtung Krugersdorp im Südwesten und die R21 zum Flughafen.