In Puebla befinden sich mehr als 20 Hochschulen, was landesweit nur noch von Mexiko-Stadt übertroffen wird. Unter anderem sind dies die Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (BUAP, 1937 gegründet), die Universidad de las Américas (UDLA, 1940 gegründet), die Universidad Iberoamericana (UIA), die Universidad Popular Autónoma del Estado de Puebla (UPAEP), das Instituto Tecnológico de Puebla (ITP), das Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Monterrey (ITESM), die Universidad del Valle de México (UVM) und die Universidad Anáhuac de Puebla. Auch eine deutsche Schule, das Colegio Humboldt, existiert in Puebla.