Aufgrund seiner Kolonialvergangenheit und der starken Präsenz katholischer Orden ist Quito eine stark vom römisch-katholischen Glauben geprägte Stadt. Quito ist Sitz des Erzbistums Quito und der Katholischen Bischofskonferenz Ecuadors. Schätzungen zufolge sind 90% der Ecuadorianer zumindest formal Mitglieder der katholischen Kirche, eine Zahl die auch auf Quito zutreffen dürfte. Zum Erzbistum Quito, das den Osten der Provinz Pichincha umfasst (die politischen Kantone Quito, Mejía, Rumiñahui, Pedro Moncayo und Cayambe) gehören mehr als 150 Pfarrgemeinden, die meisten davon im Bereich der Stadt und des Metropoldistrikts Quito. Eine von ihnen ist die deutsche Pfarrgemeinde San Miguel Arcángel de los Católicos de Habla Alemana. In Quito gibt es daneben acht aktive Klöster, ein neuntes befindet sich im benachbarten Pomasqui.[17]
Neben der Vielzahl katholischer Kirchen gibt es in Quito aber auch Anhänger und Gotteshäuser der übrigen Weltreligionen, darunter Moslems, Juden, Buddhisten und andere christlicher Kirchen, insbesondere verschiedener evangelisch-freikirchlicher Konfessionen, der Adventisten und der in Lateinamerika stark expansiven Religionsgemeinschaft Igreja Universal do Reino de Deus.
Römisch-katholischer Glaube und Rituale sind mitunter mit Elementen ursprünglicher andiner Kosmovision verbunden, da im Zuge der Missionierung vielfach ursprüngliche Glaubensinhalte mit christlichen Entsprechungen angereichert bzw. überbaut wurden.