Quito hat zwei staatliche und mehrere private Universitäten und Fachhochschulen. Die staatlichen Universitäten sind die Universidad Central del Ecuador (dt. Zentraluniversität von Ecuador) und die Universidad Politécnica Nacional (dt. Nationale Politechnische Hochschule). Unter den Hochschulen anderer Träger sind die Escuela Superior Politécnica del Ejército (dt. Politechnische Hochschule des Heeres), die Pontífica Universidad Católica del Ecuador (dt. Päpstliche Katholische Universität von Ecuador), die Universidad Salesiana (dt. Salesianische Universität), die Universidad Andina Simón Bolívar (dt. Andine Universität Simón Bolívar) und die Universidad San Francisco de Quito (dt. St. Franziskus-Universität Quito) von übergeordneter Bedeutung. Seit 2002 hat die Privatuniversität Universidad Internacional del Ecuador, UIDE (dt. Internationale Universität Ecuadors), einen neuen Campus errichtet, welcher der größte Ecuadors ist.
In Quito haben sich zahlreiche private Sprachschulen angesiedelt. Neben staatlichen Schulen gibt es eine Vielzahl von Privatschulen, darunter auch eine Deutsche Schule, das Colegio Alemán.
Insgesamt ist der Bildungsstand in Quito deutlich höher als im nationalen Durchschnitt.