Die Naval Base Coronado in der Bucht vor San Diego ist neben Norfolk, Virginia, die größte Marinebasis der USA. Sie ist Heimathafen der drei Flugzeugträger USS Nimitz, USS John C. Stennis und USS Ronald Reagan, mehrerer amphibischer Angriffsschiffe und anderer Kriegsschiffe der Pazifik-Flotte der USN. Zur Marinebasis gehört auch die Naval Air Station North Island, die Heimat einer großen Anzahl von Flugzeugen der Marine.
Auf der Naval Submarine Base sind mehrere U-Boote stationiert.
Das Marine Corps unterhält unter anderem den Stützpunkt Miramar, der bis Mitte der 90'er Jahre das berühmte Ausbildungsprogramm Top Gun beheimatete.
Am 11. Mai 1962 wurde im Rahmen der Operation Dominic I im Wasser des Pazifiks in nur 400 km Entfernung zu San Diego eine Atomwaffe mit dem Codenamen Swordfish getestet.