Die berüchtigte Insel Alcatraz beherbergt ein Museum, welches die Geschichte der Insel bewahrt. Sie war im Verlauf ihrer Nutzung Standort für den ersten Leuchtturm, ein Fort und Staatsgefängnis. Zu erreichen ist die Insel mit Fähren von Pier 33, eine vorherige Reservierung aber empfehlenswert.
Das Exploratorium, es wurde als erstes Science Center 1969 eröffnet, im Palace of Fine Arts ist ein modernes Experimentierlabor für kleine und große Kinder.
Die California Academy of Science (1853), das Naturhistorisches Museum mit simulierten Erdbeben, befindet sich an der Howard Street. Das Museum hat ganzjährig geöffnet. Ihr angeschlossen ist das Steinhart Aquarium, welches im Golden Gate Park neu errichtet wurde.
Der Telegraph Hill und der 64 m hohe Coit Tower, mit grandiosem Blick auf die Stadt und die Bucht von San Francisco.
Das Asian Art Museum bietet Kunstschätze aus Asien, die aus einem Zeitraum von 6.000 Jahren stammen.
Das Cable Car Museum zeigt die Entstehung und Funktion der Cable Cars.
Im Center for the Arts Yerba Buena Gardens befinden sich drei Galerien mit zeitgenössischer Kunst, Restaurants und Theater.
Der The Californian Palace of the Legion of Honor zeigt seine Kollektion europäischer Kunstwerke und speziell Werke französischer Künstler.
Das San Francisco Museum of Modern Art (SFMOMA) bietet dem Besucher moderne Kunst mit wechselnden Ausstellungen. Es beherbergt auch die umfangreichste Werk-Sammlung von Paul Klee.
Das Wax Museum hat eine Ausstellung von Wachsfiguren berühmter Persönlichkeiten.
Das M. H. de Young Memorial Museum an der Larkin St. zeigt Kunstgegenstände aus aller Welt von der Antike bis zur Neuzeit.
Der Palace of Fine Arts, ein Gebäude im neoklassischen Stil, erbaut zur Panama-Pacific Expo von 1915
Das Fort Mason, ein ehemaliges Militärgelände, ist heute das Hauptquartier der Golden Gate National Recreation Area, der lokalen Parkverwaltung.
Das Comic Art Museum beherbergt Comics und Cartoons als einziges seiner Art in den USA. Es besitzt über sechstausend Exponate von Comics über Cartoons und frühen Zeitungs-Strips bis hin zu Animationen.
Neben den bekannten und berühmten Museen hat San Francisco auch einige skurrile Vertreter dieser Art zu bieten. Das Museum antiker Vibratoren etwa, oder eine Ausstellung, die Barbra Streisand gewidmet ist, belegen die Besonderheit dieser Stadt.