San Francisco ist Sitz einiger großer Unternehmen wie etwa Levi Strauss Co., GAP, Wells Fargo Bank und George Lucas' Firma Industrial Light and Magic. Die Stadt gilt als Finanzzentrum Kaliforniens. Ende des 20. Jahrhunderts siedelten sich Firmen der New Economy hier an. Ein großer Arbeitgeber in der Region ist auch die U.S.-Navy, die hier einige Stützpunkte unterhält. Regional wird im nahe gelegenen Napa und Sonoma Valley Wein von internationalem Rang angebaut. Seit 2005 ist San Francisco der Hauptsitz des kalifornischen Stammzellenforschungsprogramms. Damit positioniert sich die Stadt als Forschungszentrum der Biotechnologie und Biomedizin.