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San Francisco hat für amerikanische Verhältnisse ein ausgeprägtes öffentliches Verkehrsnetz, das durch die San Francisco Municipal Railway (MUNI) betrieben wird. Neben teilweise historischen Straßenbahnen aus aller Welt, Bussen und der U-Bahn verkehren in manchen Straßen der Stadt die Cable Cars, seilgezogene Straßenbahnen aus dem 19. Jahrhundert. Es gibt heutzutage drei Cable-Car-Linien: Die California-Line, die Powell-Mason-Line und die Powell-Hyde-Line. Am ehesten dem verbreiteten Bild von San Francisco mit seinen steilen Hügeln kommt die Powell-Hyde-Line nahe. Vom Embarcadero werden Fährverbindungen zu den angrenzenden Orten an der Bucht angeboten. Die Region östlich der Bucht von San Francisco lässt sich mit dem Bay Area Rapid Transit (BART) (vergleichbar einer U-Bahn) erreichen, die San-Francisco-Halbinsel und das Silicon Valley sind durch Caltrain (vergleichbar einer S-Bahn) mit San Francisco verbunden.