São Paulo gehört neben Rio de Janeiro und Recife zu den Städten mit der höchsten Kriminalität in Brasilien. Täglich kommt es zu Diebstahl, Gewalt, Raub, Mord und Drogenkonsum. Im Bereich der Prostitution sind Zuhälter besonders in Verbindung mit Menschenhandel und Zwangsprostitution oft Teil organisierter Kriminalität oder werden von entsprechenden Organisationen (Mafia) kontrolliert. Die Stadtteile Jardim Ângela und Capão Redondo im Süden der Stadt besitzen mit die höchsten Mordraten der Welt, in Jardim Ângela beträgt die Mordrate 166,2/100.000 Einwohner.
Der bewaffnete Konflikt mit der Mafia-Organisation PCC (Erstes Hauptstadtkommando) erreichte 2006 beinahe bürgerkriegsähnliche Zustände, man spricht vom sogenannten „Guerra Urbana“. Im Mai 2006 kam es in der Region in einer konzertierten Aktion der PCC zu mehreren hundert Angriffen auf staatliche Sicherheitskräfte, Busse, Wohnhäuser von Polizisten, Banken und Geldautomaten sowie zu Gefängnisrevolten. Grund war die Verlegung von 765 inhaftierten Mafia-Mitgliedern in Hochsicherheitsgefängnisse. Bei den Angriffen und den Gegenmaßnahmen der Polizei starben 170 Menschen.