Shenzen hat drei Häfen: Yantian, Shekou und Chiwan. In Yantian, dem größten Hafen, können im Yantian International Container Terminal neun Containerschiffe gleichzeitig abgefertigt werden. Im Jahr 2005 wurden hier 7,355 Mio. Container umgeschlagen. Shekou ist der zweitgrößte Containerterminal in China und der viertgrößte der Welt. Er konkurriert im Umschlagaufkommen mit Hongkong.
Der Shenzhen International Airport (SIA) liegt 35 km außerhalb des Stadtzentrums. Er bedient viele innerchinesische Ziele sowie auch einige internationale Zielflughäfen. Im Vergleich zu dem internationalen Flughafen von Hongkong ist er normalerweise günstiger für Flüge innerhalb Chinas. Der SIA entwickelt sich zu einem bedeutenden Umschlagplatz für Luftfrachtsendungen und innerchinesische Passagierflüge. Zudem ist der Flughafen das Drehkreuz der in Shenzhen beheimateten Shenzhen Airlines.
Der direkt an der Grenze zu Hongkong in Luohu gelegene Bahnhof ist Ausgangspunkt für viele Zugverbindungen innerhalb Chinas. Er kann von Hongkongnesen (Hongkong-Chinesen) direkt mit der KCR erreicht werden und wird auch gerne benutzt, um in Shenzhen einkaufen zu gehen. Ebenso verkehren Züge ab Hongkong, die beispielsweise bis nach Guangzhou durchfahren. Ab Shenzhen gibt es ebenfalls stark frequentierte Verbindungen nach Guangzhou oder auch zu anderen Zielen in China wie zum Beispiel „Long-Distance“-Züge nach Peking.
Shenzhen verfügt seit dem 28. Dezember 2004 über eine im Aufbau befindliche U-Bahn, die Shenzhen Metro (SZM), und ist damit nach Peking, Hongkong, Tianjin, Shanghai und Guangzhou die sechste chinesische Stadt mit einem solchen Verkehrsträger. Momentan sind die beiden Linien 1 + 4 teilweise in Betrieb und zwei weitere in der Bauphase.
Für die Fortbewegung innerhalb der Stadt können Taxis benutzt werden. Sie kosten mindestens 12,50 RMB bis 2,5 km und 0,60 RMB je weitere angefangene 0,25 km. In der Zeit zwischen 22 und 6 Uhr wird ein Nachtzuschlag von 30 % erhoben.
Außerdem kann auch das sehr gut ausgebaute innerstädtische Busnetz benutzt werden. Fernere Ziele, wie Guangzhou, Humen oder Xiamen, können zudem mit Fernbussen, die in einem Busterminal unterhalb der Lo Wu Commercial City nahe der Grenze zu Hongkong abfahren und ankommen, erreicht werden.
Eine weitere Verkehrsverbindung nach Hongkong sind die Jetfähren, die im Stundentakt von Hongkong Island, Kowloon und dem Hongkonger Flughafen nach Shekou (Shenzhen) und Fuyong (Flughafen Shenzhen) verkehren.