Stockholm ist Knotenpunkt des schwedischen Eisenbahnnetzes. Es hat einen internationalen Flughafen im etwas entfernten Arlanda; daneben gibt es einen Flughafen bei Skavsta und einen Regionalflughafen in Bromma.
Stockholm ist eine wichtige Fährhafenstadt mit Verbindungen nach Helsinki, Sankt Petersburg, Turku und Tallinn.
Dem öffentlichen Verkehr dienen die U-Bahn (Tunnelbana), S-Bahn-ähnliche Vorortzüge (Pendeltåg), verschiedene Buslinien, einzelne Stadtbahnlinien in den Außenbezirken sowie die historische Straßenbahn zum Djurgården. Die Tunnelbana, die Stadtbahn, die Straßenbahn und die Buslinien werden durch die AB Storstockholms Lokaltrafik betrieben.
Die Autobahn E4 führt westlich des Stadtzentrums vorbei. Ein großer Teil des Autoverkehrs soll in den nächsten Jahren unter die Erde gelegt werden. So wurde im Oktober 2004 ein 4,5 Kilometer langer Tunnel (Södra länken) südlich des Stadtkerns eingeweiht. Ein gleichartiges Projekt ist im Norden geplant.