In Stockholm gibt es 16 Hochschulen und Universitäten. Von herausragender Bedeutung sind hierbei die Universität Stockholm (Stockholms universitetet) mit ihren etwa 35.000 Studierenden (Stand 2004) und die Königlich Technische Hochschule Stockholm (Kungliga Tekniska Högskolan), die wohl größte technische Hochschule Skandinaviens.
Nachfolgend sind daneben alle weiteren Hochschulen genannt.
Danshögskolan (Hochschule für Tanz, Choreographie und Tanzpädagogik)
Dramatiska Institutet (Hochschule für Film, Radio, Fernsehen und Theater)
Ersta & Sköndal högskola
Handelshögskolan i Stockholm (Handelshochschule Stockholm)
Idrottshögskolan i Stockholm (Hochschule für Sport)
Karolinska Institutet (Medizinische Universität, liegt in der Nachbarstadt Solna)
Königlich Technische Hochschule Stockholm
Konstfack (Kunsthochschule)
Kungliga Konsthögskolan
Königliche Musikhochschule Stockholm
Lehrerhochschule Stockholm (Hochschule für Lehrerausbildung)
Operahögskolan i Stockholm
Stockholms Musikpedagogiska Institutet (Hochschule für Musikpädagogik)
Universität Stockholm
Södertörns högskola
Teaterhögskolan i Stockholm
Teologiska Högskolan
Neben den Forschungseinrichtungen der Hochschulen und Universitäten gibt es eine Reihe weiterer staatlicher und privater Forschungsinstitutionen in Stockholm.
Stockholm ist ebenfalls Sitz der Schwedischen Akademie, der Königlich Schwedischen Akademie der Wissenschaften, der Königlichen Akademie für Literatur, Geschichte und Antiquitäten, der Nobelstiftung und weiterer kultureller und wissenschaftlicher Institutionen.