Wie archäologische Funde belegen, war das Stadtgebiet schon in der Steinzeit besiedelt. Ursprünglich war Tokio unter seinem früheren Namen Edo ein kleiner Fischereihafen. Um das Jahr 1457 ließ der damalige Daimyō Ota Dokan nahe dem Dorf eine Burg bauen. Die Siedlung erlangte erst 1590 Bedeutung, als sie in den Besitz des Shōgun Tokugawa Ieyasu (1543–1616) überging.