Für die nähere Zukunft sagen Seismologen für Tokio ein verheerendes Erdbeben in der Größenordnung des Großen Kantō-Erdbebens von 1923 vorher. Dies und die exorbitanten Grundstückspreise sind der Grund, dass seit den 1990er Jahren eine Verlegung der Hauptstadt weg von Tokio diskutiert und geplant wird – Hauptstadtverlegungen gab es aus religiösen und politischen Gründen in der japanischen Geschichte schon oft. Die drei Hauptstadt-Kandidaten sind Nasu, 300 Kilometer nördlich von Tokio, Higashino unweit der Olympiastadt Nagano in Zentraljapan, und eine neu zu errichtende Stadt in der Provinz Mie, unweit von Nagoya, 450 Kilometer westlich von Tokio. Tatsächlich besteht bereits ein Parlamentsbeschluss zur Verlagerung der Hauptstadt, aber bisher sind noch keine Aktivitäten erfolgt.
Tokio ist die offizielle japanische Bewerberstadt um den Austragungsort der Olympischen Spiele 2016.