Im Ueno-Park befinden sich das Nationalmuseum Tokyo, das Nationale Naturkundemuseum, das Nationalmuseum für westliche Kunst und das Tokyo Metropolitan Art Museum. In der Nähe des Kaiserpalastes steht das Nationalmuseum für moderne Kunst. Japanische und westliche Kunst des 19. und 20. Jahrhunderts zeigt das Bridgestone Museum of Art.
Das größte Museum Japans ist das Nationalmuseum. Dort sind permanent etwa 2.500 Exponate über die japanische Geschichte und Kultur ausgestellt, darunter nationale Schätze und bedeutende Kulturgüter des Landes. Manchmal werden zusätzlich noch Sonderausstellungen zu bestimmten Themen präsentiert, so dass ein ganzer Tag nicht ausreichend ist, um das gesamte Angebot des Museums zu besichtigen.
Das Edo-Tokyo Museum befindet sich in der Nähe der großen Sumō-Ringer-Halle südlich von Asakusa und östlich des Hauptbahnhofs. Dort ist das alte Tokio in Miniatur nachgebaut worden, einzelne Häuser auch in Originalgröße. Das Fukagawa-Edo Museum liegt nur wenige Hundert Meter südlich des Edo-Tokyo Museums entlang der Oedo-U-Bahn-Linie. Es beherbergt ebenfalls viele alte Häuser aus der Edo-Zeit.