Ufa ist ein Knotenpunkt wichtiger Transportwege: Die ursprüngliche Strecke der Transsibirischen Eisenbahn führt durch Ufa; hinzu kommt große Bedeutung auf der Straße (Autobahnen), auf den Flüssen (Frachtschifffahrt), Luftverkehr (internationaler Flughafen Ufa im Süden der Stadt) und Pipelines für Gas und Erdöl. Autobahnen führen von hier aus in Richtung Kasan, Samara, Cheljabinsk, Orenburg. Vom südlichen und nördlichen zentralen Omnibusbahnhof aus fahren auch Linienbusverbindungen in die regionalen Zentren Baschkiriens und die näher gelegenen Föderationszentren. Der Flughafen wurde bereits 1938 eröffnet und ist neben den innerrussischen Flügen auch Ausgangs- und Zielort internationaler Linien u. a. nach Frankfurt am Main, Istanbul, Baku und Sharjah.