Makassar besitzt einen der größten Häfen Indonesiens und ist ein wichtiger Handels- und Warenumschlagplatz. Exportiert werden unter anderem Kaffee, Teak, Gewürze, Gummi und Rattan. Das auf der ganzen Welt sehr geschätzte Makassar-Ebenholz (Diospyros celebica) erhielt seinen Namen von diesem Hauptausfuhrhafen. Wichtigste Industriezweige sind die Zementindustrie und der Schiffbau. In der Stadt befindet sich auch die größte Universität der Insel, die Hasanuddin-Universität.