Ouagadougou verfügt über einen internationalen Flughafen, der sich mitten in der Innenstadt befindet und mittelfristig durch einen Neubau vor den Toren der Stadt ersetzt werden soll. Mit Europa ist es durch Direktflüge nach Paris verbunden. Der Hauptbahnhof ist Endpunkt der Eisenbahnlinie nach Abidjan (Elfenbeinküste). Für Güterzüge besteht eine weitergehende Verbindung nach Kaya.
Asphaltierte Überlandstraßen führen in die im Westen des Landes gelegene Stadt Bobo-Dioulasso, nach Accra (Ghana) und in Richtung Niamey (Niger) und Lomé (Togo).
Wichtigste Verkehrsmittel der Bevölkerung und somit überall in Massen anzutreffen, sind Mofas, Roller, Mopeds und Fahrräder. Menschen jeden Alters nutzen sie als kostengünstige Alternative zum Auto und zum relativ schnellen Bewältigen langer Wege, wie sie in der Stadt und dem Umland üblich sind. Unzählige Taxis stehen zur kostengünstigen innerstädtischen Beförderung zur Verfügung, außerdem wurde in jüngster Zeit ein Bussystem eingerichtet.