Die Stadt ist Sitz der römisch-katholischen Erzdiözese Wien; Erzbischof ist Kardinal Christoph Kardinal Schönborn. Die römisch-katholische Gemeinde ist die größte Glaubensgemeinschaft Wiens, verliert jedoch stetig an Mitgliedern. Heute gehören nur 49 % der römisch-katholischen Kirche an, 1961 noch 82 %.
Der evangelisch-lutherische Bischof von Österreich, der seinen Sitz in Wien hat, ist Herwig Sturm.
Der Präsident der Islamischen Glaubensgemeinschaft in Österreich, Anas Schakfeh, hat ebenfalls in Wien seinen Sitz. In den letzten Jahrzehnten bekannten sich viele Zuwanderer zum Islam, der mittlerweile zur zweitgrößten Religionsgemeinschaft des Landes geworden ist. Der Islam ist in Österreich seit 1912 anerkanntes Religionsbekenntnis (damals gehörten die muslimischen Bosnier zu Österreich-Ungarn).
Präsident der Israelitischen Kultusgemeinde Wien ist Ariel Muzicant, Oberrabiner ist Paul Chaim Eisenberg. Die jüdische Gemeinde Wiens besteht aus rund 7.000 Gläubigen. Die einzige Synagoge, die die Novemberpogrome 1938 überstanden hat, ist der Stadttempel im 1. Bezirk.
Die Religionszugehörigkeit der Wiener Wohnbevölkerung setzt sich laut Volkszählung 2001 wie folgt zusammen: