Seit der Reformation unter Huldrych Zwingli galt Zürich als ein Zentrum und Hochburg des Protestantismus in der Schweiz. Im Verlauf des 20. Jahrhunderts jedoch ging der Anteil der Reformierten aufgrund der fortschreitenden Säkularisierung und vermehrter Einwanderung von Personen verschiedenster Religionen stetig zurück. Heute sind die Katholiken mit 33.3 % die grösste Religionsgruppe, erst an zweiter Stelle folgt die Reformierte Landeskirche mit 32.1 %. Rund 12'000 Personen gehören der christlich-orthodoxen Konfession an. Die jüdische Gemeinde ist die grösste der Schweiz: Um die 5'000 Juden leben in Zürich.
Ein starkes Wachstum in der Stadt verzeichnet die islamische Gemeinde: Die Anzahl Muslime stieg in 10 Jahren um mehr als das doppelte von rund 9'000 auf 20'000 Personen (Stand: 2000) an. Immer mehr Zürcher bezeichnen sich zudem als konfessionslos. Im Jahr 2000 waren es 16.8 %[4][5].