Nach dem Abschluss der Sekundarstufe I stehen je nach Leistungsniveau verschiedene weiterführende Anschlussmöglichkeiten auf der Sekundarstufe II offen. Die Schüler können sowohl nach zwei als auch nach drei Jahren (nach bestandener Aufnahmeprüfung in den Fächern Deutsch, Mathematik und Französisch) ins Kurzgymnasium (4 Jahre) an einer Kantonsschule (Gymnasium, umgangssprachlich Gymi), in die Handelsmittelschule, Informatikmittelschule (beide 3 Jahre mit anschliessendem Praktikumsjahr) oder in eine Diplommittelschule wechseln. Die Schüler des Langzeitgymnasiums können nach zwei Jahren das Schulprofil wechseln und auch in ein Kurzgymnasium der Sekundarstufe II übertreten. Es gibt in Zürich 13 Gymnasien, darunter die Kantonsschule Rämibühl und die Kantonsschule Enge sowie die Kantonsschule Stadelhofen. Wer nach der Sekundarstufe I eine Berufslehre beginnt, besucht eine entsprechende Berufsschule. Für leistungsstarke Lehrlinge steht der Besuch einer Berufsmittelschule offen. Die Schulen der Sekundarstufe II werden vom Kanton Zürich betrieben.