Nominell ist Äquatorialguinea eine parlamentarische Demokratie, tatsächlich dominiert jedoch der Präsident das Land auf allen Entscheidungsebenen. Die Bevölkerungsgruppe der Fang dominiert die Politik des Landes. Staatspräsident Teodoro Obiang Nguema Mbasogo trat sein Amt nach einem Staatsstreich am 3. August 1979 an. 1987 gründete Obiang die Staatspartei Partido Democrático de Guinea Ecuatorial (PDGE), die bei den Parlamentswahlen 1988 mit 99,2% der Stimmen gewann. Auch 1996 wurde er durch vermutlich manipulierte Wahlen mit einem Ergebnis von 99 Prozent im Amt bestätigt. Das Parlament Äquatorialguineas trägt die Bezeichnung Cámara de Representantes del Pueblo (Volksvertreterkammer). Es verfügt über eine Kammer mit 80 Sitzen und wird für fünf Jahre gewählt. Das Parteiensystem wird von der Regierungspartei Partido Democrático de Guinea Ecuatorial (PDGE) dominiert.
Bis 1991 war sie als Einheitspartei die einzige politische Partei des Landes. Inzwischen existieren rund 20 Oppositionsparteien, einige davon sind jedoch lediglich Ableger der PDGE. Wichtigste Oppositionspartei sind CPDS und Unión Popular. Letztere ist seit ihrer Spaltung 1999 deutlich geschwächt. Damals hatte lediglich ein UP-Abgeordneter die Parlamentswahl anerkannt. Die übrigen warfen der Regierung massive Wahlmanipulationen vor. Zu einer ähnlichen Einschätzung kam auch die EU-Verwaltung. Es existieren weitere kleinere Parteien, zum Teil im spanischen Exil. Einige der Oppositionsparteien haben sich zu Bündnissen zusammengeschlossen. Bei den Kommunalwahlen 2000 boykottierten einige der Oppositionsparteien die Wahl. Die PDGE gewann die Wahlen mit 96% und kontrolliert damit alle 30 Gemeinderäte.
Wahlen der jüngsten Vergangenheit: Parlamentswahlen am 7. März 1999, Wiederwahl Obiangs am 15. Dezember 2002 auf sieben Jahre mit 99,5 Prozent. (In einigen Wahllokalen soll Obiang bis zu 103% der Stimmen erhalten haben).
Die 1991 eingeführte Verfassung gewährt dem auf sieben Jahre gewählten Präsidenten weitgehende exekutive Befugnisse, so ernennt er den Premierminister und die obersten Richter. Die Legislative liegt bei der Volksvertreterkammer.
Die Streitkräfte umfassen schätzungsweise 2500 Mann und werden durch paramilitärische Einheiten in unbekannter Größe ergänzt.