Die Außenpolitik konzentriert sich auf gute Beziehungen mit den Nachbarstaaten. Grenzstreitigkeiten mit Nigeria wurden im Herbst 2000 beigelegt. In jüngster Vergangenheit haben sich die Beziehungen zu den Nachbarstaaten spürbar verschlechtert. Der Grund ist die Ausweisung zahlreicher Staatsbürger aus der Region nach einem Putschversuch im Jahr 2004. Das Verhältnis zur früheren Kolonialmacht Spanien ist belastet, weil das Land zahlreiche Oppositionelle aufgenommen hat. Spanien beherbergt schätzungsweise 40.000 Äquatorialguineer. In jüngerer Zeit sieht Äquatorialguinea aber die ehemalige Kolonialmacht auch als Türöffner zur internationalen Gemeinschaft, so besuchte Präsident Obiang mit zahlreichen Regierungsmitgliedern im November 2006 Spanien. In Europa ist Frankreich der wichtigste Partner des Landes. Frankreich und Spanien sind die einzigen europäischen Länder mit Botschaften in Äquatorialguinea.
Die EU als Ganzes und ihre Mitgliedsstaaten halten sich mit ihrem Engagement im Land zurück, unter anderem, weil sie von der Regierung mehr Demokratisierung und die Achtung der Menschenrechte fordern. Nach Angaben der Bundesregierung sind zurzeit (2004) einige technische Berater aus der EU im Land. Außerdem engagierte sich die Union bei der Instandsetzung der Wasserversorgung in Malabo und fördere Kleinbauern beim Kakaoanbau. Die USA haben aufgrund der Ölfunde ihre Beziehungen zu Äquatorialguinea intensiviert und 2003 eine Botschaft in Malabo eröffnet. Die einst guten Beziehungen zu den ehemaligen und heute noch sozialistischen Staaten sind abgekühlt. Lediglich die Volksrepublik China und Nordkorea verfügen über Botschaften in Äquatorialguinea. Die zuständige deutsche Botschaft befindet sich in Jaunde, Kamerun.