1419 wurde der Consell de la Terra geschaffen, eine Art primitives Parlament und wichtigstes Repräsentativorgan Andorras. Er war der Vorreiter des heutigen „Consell General de les Valls“ (Generalrat) und versammelte alle Oberhäupter der wichtigsten andorranischen Familien. Die politische Struktur, die im Mittelalter entstanden ist, wurde im Laufe des 16., 17. und 18. Jahrhunderts stabilisiert. Auch die politische und wirtschaftliche Macht der wichtigsten andorranischen Familien festigte sich.
Anfang des 18. Jahrhunderts befand sich Andorra in einer wirtschaftlich und institutionell schwierigen Lage, die unter anderem auf die internen Konflikte im benachbarten Spanien zurückzuführen war. Spanien zerstörte nämlich alle katalanischen Institutionen und drohte damit, den nova planta-Erlaß von 1714 auf alle Drittstaaten, die Waren nach Spanien einführten, anzuwenden. Der Erlass sah die Erhebung einer Abgabe auf alle Produkte, die nach Spanien eingeführt wurden, vor. Die Abgabe entsprach 10% des Produktwertes. Die Andorraner mussten jahrelang verhandeln, bis sie ein Sonderabkommen unterzeichnen konnten: die "Sentència Manutenció" von 1738. Dieser Text legte eine Abgabenbefreiung für andorranische Produkte fest.
Ende des 18. Jahrhunderts und im 19. Jahrhundert herrschten in Andorra Konflikte, Streitigkeiten und eine instabile Lage, sowohl auf sozialer als auch auf wirtschaftlicher und institutioneller Ebene.
Die Französische Revolution führte in Frankreich zur Nicht-Anerkennung des Status des Co-Fürstentums durch die französischen revolutionären Kräfte. Die folgenden Jahre war Andorra wie gelähmt. Einziger Herrscher des Landes war der Bischof. Das Land verlor von französischer Seite aus alle seine Privilegien, unter anderem die Steuerbefreiung, seine Stabilität und seine Neutralität der Justiz, der inneren Angelegenheiten und des Handels. Auf Antrag der Andorraner stellte Napoleon jedoch 1806 den Status quo ante wieder her und erneuerte somit alle Verbindungen, Vorrechte, Vorteile, Handelsbeziehungen, Steuerbefreiungen und Institutionen, die Andorra mit dem französischen König verbanden. Das Amt des französischen Co-Prinzeps wird seitdem von der höchsten Autorität Frankreichs übernommen. Es ist ein Element, das bis heute von keinem der verschiedenen Nachfolger, von Napoleon über Ludwig XVIII. bis Nicolas Sarkozy in Frage gestellt worden ist.