Über die folgenden Jahrhunderte ist wenig bekannt. Gesichert ist, dass Nachkommen der Maya weiterhin das Land bewohnten und auch noch dort lebten, als im 16. Jahrhundert die spanischen Eroberer in die Region kamen. Viele von ihnen flohen in der Folge ins Landesinnere und es kam wiederholt zu Kämpfen zwischen den ursprünglichen Einwohnern und den europäischen (spanischen und später britischen) Kolonisatoren. Zwar war das Land für die Europäer wegen des Holzes der Tropenwälder von Interesse, aber aufgrund des anhaltenden Widerstandes der Bewohner und der großteils unwegsamen Küsten und Bergregionen im Hinterland konzentrierten sie ihre Aktivitäten mehr auf die Gebiete der heutigen Länder Mexiko und Honduras - wo vor allem auch Gold und Silber zu erbeuten waren.
Die Küsten Belizes boten allerdings ein ideales Rückzugsgebiet für britische Piraten, die von dort aus ihre Raubzüge gegen die spanischen Flotten unternahmen. Erst 1670 kam diese Piraterie zum Erliegen, als Großbritannien und Spanien in Madrid einen Vertrag unterzeichneten um diese Praxis zu beenden. Die Baymen, wie die Piraten oder Freibeuter genannt wurden, weil sie sich vornehmlich im Golf (Bay) von Honduras aufhielten, suchten nun gezwungenermaßen andere Einnahmequellen und fanden sie im Handel mit Tropenhölzern. 1763 erhielten sie mit dem Vertrag von Paris von Spanien die Erlaubnis, in einem bestimmten Teil Belizes Holz zu gewinnen. Für rund hundert Jahre blieb das die wichtigste Einnahmequelle der britischen Siedler in der Region. Mit der Waldarbeit einher ging bald auch Sklaverei. Die Arbeit war anstrengend und ab dem 18. Jahrhundert begannen die europäischen Siedler damit, afrikanische Sklaven dafür einzusetzen. Bis 1790 betrug der Anteil von Sklavenarbeitern an der registrierten Gesamtbevölkerung, also ohne die nicht gezählten Maya, rund 75 %. Erst 1833 wurde die Sklaverei im britischen Empire in Folge der industriellen Revolution, die neue Produktionsverhältnisse schuf, abgeschafft. Während Sklavenhalter für den Verlust ihres „Eigentums“, der befreiten Sklaven also, entschädigt wurden, erhielten diese weder eine Entschädigung, noch durften sie Land erwerben.