Die Staatsreligion (75 %) ist die tantrische Form des Mahayana-Buddhismus. Bhutan ist das einzige Land, welches diesen als Staatsreligion praktiziert. Neben der Philosophie Buddhas hat sich, vor allem durch indische und nepalesische Immigranten, aber auch der Hinduismus (25 %) in Bhutan etabliert.
Die Staatsgründung Bhutans im 17. Jahrhundert durch Shabdrung Nawang Namyal, den Abt eines Drukpa-Kagyü-Klosterordens in Tibet, ist eng mit dem Buddhismus verbunden. Der Bau der Klosterburgen (Dzongs) in Bhutan diente der militärischen Verteidigung gegen den rivalisierenden Gelugpa-Klosterorden, der wiederholt versuchte, seinen machtpolitischen Einfluss auf Bhutan auszudehnen. Unter König Jigme Dorje Wangchuk verloren die Drukpa-Klöster ihren Grundbesitz, den die Regierung an landlose Bauern verteilte. Finanzielle Zuwendungen aus dem Staatshaushalt stellen die Existenz der Klöster sicher. In der Nationalversammlung sind ferner 15 Sitze für Vertreter des Klerus reserviert, die von einem buddhistischen Gremium bestimmt werden. Das spirituelle Oberhaupt des Drukpa-Klosterordens ist der Je Khenpo, er genießt neben dem König eine hohe Stellung im politischen System Bhutans. Neben den Drukpa sind auch die Nyingma-Tradition nach Pema Lingpa und die Drikung-Kagyü-Schule in Bhutan vertreten. Die Königsfamilie von Bhutan stammt von Pema Lingpa ab.