Die drei Volksgruppen haben je einen Vertreter im dreiköpfigen Staatspräsidium. Die Bosniaken und Kroaten wählen ihre beiden Vertreter in der Föderation, die bosnischen Serben ihren in der Republik Srpska. Der Vorsitz des Staatspräsidiums wechselt alle acht Monate. Die beiden Entitäten haben eigene Regierungen und Parlamente sowie eine gemeinsame Regierung und Parlament (Abgeordnetenhaus mit 42 Sitzen und eine Kammer der Völker mit 15 Sitzen) für den Gesamtstaat. Faktisch übt einen Teil der Staatsgewalt jedoch Christian Schwarz-Schilling als Vertreter der internationalen Gemeinschaft aus (Office of the High Representative, OHR), was damit gerechtfertigt wird, dass infolge des im Krieg entstandenen gegenseitigen Misstrauens unter den Verantwortlichen der Volksgruppen nach wie vor eine Blockadehaltung vorherrsche. Außerdem sind nach wie vor rund 7000 ausländische Soldaten im Rahmen der Operation EUFOR/Althea in Bosnien und Herzegovina stationiert.
Die Wahlen am 1. Oktober 2006 galten als zukunftsweisend, weil die internationale Gemeinschaft 2007 den Hohen Repräsentanten abziehen und Bosnien und Herzegowina in die volle Souveränität überführen will. In das Staatspräsidium wurden der Bosniake Haris Silajdžić von der Partei für Bosnien und Herzegowina (SBiH), der Serbe Nebojša Radmanović vom Bund der Unabhängigen Sozialdemokraten (SNSD) und der Kroate Željko Komšić von den multi-ethnischen Sozialdemokraten gewählt. Komšić soll in einem Kopf-an-Kopf-Rennen seinen Kontrahenten von der nationalistischen Kroatischen Demokratischen Union in Bosnien und Herzegowina (HDZ BiH) geschlagen haben. Nationalistische kroatische Gruppen hatten daraufhin protestiert, Komšić könne nicht kroatische Interessen vertreten, da auch Mitglieder anderer Volksgruppen für ihn gestimmt hätten. Die bosnisch-serbische Partei Bund der Unabhängigen Sozialdemokraten hatte vor den Wahlen erneut ein Referendum für die Unabhängigkeit der Teilrepublik Srpska und den Anschluss an Serbien gefordert. Silajdžić setzte sich für eine Verfassungsänderung ein, die ein Zusammenwachsen Bosniens in einen „funktionsfähigen“ Staat ermöglichen solle. Dies wird teilweise so interpretiert, dass er die Existenz der Serbenrepublik infrage stellte.