In Burkina Faso entspringen die Quellflüsse des in den Atlantik fließenden Volta: Schwarzer Volta (Mouhoun), Weißer Volta (Nakambé) und Roter Volta (Nazinon). Auch der Pendjari, ein Grenzfluss zu Benin, gehört zum Voltabecken. Ein weiterer Fluss ist der Comoé. Einige Flüsse im Norden und Osten (Béli, Gorouol, Féléol) gehören zum Nigerbecken und fließen dem Niger zu.
Von den Seen sind der Téngrélasee, der Bamsee und der Demsee zu nennen. Einige Wasserläufe werden zu Seen aufgestaut, zum Beispiel der Bagré- und der Kompiengastausee im Südosten und zahlreiche kleine Staubecken. Die sogenannten mares im Sahel stellen wichtige Wasserreservoirs für Mensch und Vieh dar. Das Mare d'Oursi ist ein Ramsar-Schutzgebiet.