Ein Großteil des Im-/Exports Chiles wird über große Seehäfen abgewickelt. Die Hauptausfuhrgüter sind Kupfer, Eisen, Zellstoff, sowie landwirtschaftliche Erzeugnisse. Viele Häfen verfügen über moderne Containerterminals.
Wichtige Häfen gibt es in Antofagasta, Arica, Chañaral, Coquimbo, Iquique, Puerto Montt, Punta Arenas, San Antonio, San Vicente, Talcahuano und Valparaíso.
Besonders in Südchile spielen Fährverbindungen eine wichtige Rolle, da hier die Straßenverbindungen aufgrund von vielen Fjorden und Inseln schlecht realisierbar sind.
Wichtigste Stützpunkte der chilenischen Marine sind Valparaíso und Talcahuano.
Vor dem Bau des Panama-Kanals waren Valparaíso und Punta Arenas die wichtigsten Häfen für den Pazifikhandel. 1840 errichtete die Pacific Steam Navigation Company die erste Dampfschifffahrtslinie in Südamerika von Valparaíso nach Callao in Peru.