Nominell gehören ca. 97 % der Bevölkerung der Griechisch-Orthodoxen Kirche an, auf dem größten Teil des Festlands dem Autokephalen orthodoxen Erzbistum von Griechenland mit Sitz in Athen, auf dem Dodekanes und den meisten Klöstern der autonomen Mönchenrepublik Athos am Ostzipfel der Halbinsel von Chalkidiki bei Thessaloniki dem Ökumenischen Patriarchat von Konstantinopel mit Sitz in Istanbul. Ähnlich wie in Irland und Polen spielte religiöse Zugehörigkeit eine erhebliche Rolle als Identifikationsmerkmal bei der Bildung der griechischen Nation, nachdrückliche Bekennung zu religiösen Riten ist daher weit verbreitet unter der orthodoxen Bevölkerung.
Die Orthodoxe Kirche übt auch wesentlichen Einfluss auf das Bildungswesen aus, wobei die besondere Stellung der griechisch-orthodoxen Konfession als „vorherrschender Religion“ in der griechischen Verfassung festgelegt wird. Obwohl ihr in der Verfassung nicht ausdrücklich der Status einer Staatskirche zuerkannt wird, wird Griechenland aufgrund der engen institutionellen Verflechtung von Staat und Orthodoxer Kirche im konstitutionellen Recht, ebenso wie z. B. Großbritannien und Dänemark, der Kategorie von Staaten mit einer Staatskirche zugeordnet. So untersteht die Orthodoxe Kirche auch teilweise dem Staat, zum Beispiel müssen alle Bischöfe vom Parlament bestätigt bzw. neu gewählte Regierungen vom orthodoxen Erzbischof vereidigt werden.
Versuche, eine tiefer gehende Trennung von Staat und Kirche einzuführen, wie zum Beispiel im Zuge der Verfassungsreform des Jahres 2001, sind bislang am erbitterten Widerstand seitens der sich zunehmend politisierenden Orthodoxen Kirche gescheitert. Daher scheint unter der aktuellen konservativen Regierung unter Kostas Karamanlis eher der Kompromiss einer „Modernisierung der Beziehungen zwischen Staat und Kirche“ angestrebt zu werden.
Neben der griechisch-orthodoxen Bevölkerung gibt es unter den Bürgern ca. 180.000 Muslime (vor allem Pomaken und Bürger türkischer Abstammung), ca. 121.000 katholische Christen des griechischen und des lateinischen Ritus, *[2] dann etwa 50.000 Zeugen Jehovas, ca. 30.000 protestantische (meist evangelikale) Christen verschiedener Richtungen, und ca. 5.000 Juden.
Die zahlreichen albanischen Einwanderer in Griechenland sind meist nominell Muslime, Katholiken oder Orthodoxe, aber die meisten praktizieren ihren Glauben nicht.