Zeugnis der indianischen Geschichte legen unzählige, zum größten Teil noch nicht erfasste Maya-Ruinen ab, darunter Tikal als die wichtigste oder Cival. Eine Unzahl von Resten alter Maya-Kulturen liegt weiterhin im Verborgenen, nur die wesentlichsten Ruinenstädte wurden, vor allem mit finanzieller Hilfe aus dem Ausland freigelegt und erforscht. Siehe auch die Liste der Maya-Ruinen.
Nach der Eroberung (Conquista) blieb das Land bis zum 15. September 1821 spanische Kolonie. Von 1823-1839 war Guatemala Teil der Zentralamerikanischen Konföderation. Erst 1840 entstand der unabhängige Staat Guatemala.
Die erste Zeit der jungen Republik von 1841-71 ist gekennzeichnet durch konservative Regime an der Macht, deren Hauptziele eine behutsame wirtschaftliche Modernisierung bei Beibehaltung der hierarchischen Gesellschaftsordnung der Kolonialzeit darstellten.
Die Zeit von 1871-1944 wird als liberaler Nationalstaat bezeichnet. Die wirtschaftliche Modernisierung des Landes wurde forciert. Es begann der großflächige Kaffee- und Bananenanbau, letzterer insbesondere durch die United Fruit Company.
Mit der Oktoberrevolution 1944 und dem Sturz des damaligen Diktators Jorge Ubico 1931-1944, beginnt ein demokratisches Jahrzehnt in Guatemala. Präsident Arévalo, 1944 bis 1949, demokratisiert das Land, führt die Pressefreiheit ein und implementiert den ersten Arbeiterkodex in der Geschichte Guatemalas. Unter seinem Nachfolger Jacobo Arbenz 1950-1954 werden umfangreiche Landreformen durchgeführt. Zu dieser Zeit besitzen rund 2 % aller Großgrundbesitzer ca. 70 % des landwirtschaftlich nutzbaren Landes.
Das US-amerikanische Außenministerium initiierte eine Hetzkampagne gegen Guatemala. Die CIA intervenierte daraufhin in Zusammenarbeit mit oppositionellen guatemaltekischen Militärs (Operation PBSUCCESS). Lange Jahre wurde angenommen, dass diese Kampagne auf Intervention der United Fruit Company (UFC) erfolgte. Die UFC hatte in Guatemala ihre größten Plantagen und war zudem noch Eignerin der International Railway of Centralamerica und des damals einzigen Seehafens des Landes, Puerto Barrios. Die kürzlich freigegebenen Akten des CIA über die Aktion lassen jedoch den Einfluss der United Fruit Company eher gering erscheinen. Nach diesen Informationen sollte die Intervention eher als Teil der Truman-Doktrin betrachtet werden, um einer vermuteten kommunistische Bedrohung aus Zentralamerika vorzubeugen.
1954 wird Arbenz gestürzt und Castillo Armas wird Diktator. Innerhalb kürzester Zeit macht dieser sämtliche sozialen Reformen einschließlich der begonnenen Agrarreform rückgängig. Er wird 1957 ermordet. Ydígoras, ebenfalls aus den Reihen des guatemaltekischen Militärs, unter der Herrschaft Ubicos verantwortlich für zahlreiche Massaker und die brutale Niederschlagung verschiedener Aufstände in Guatemala, wird sein Nachfolger.
In Guatemala herrschte 36 Jahre lang ein Bürgerkrieg, der erst 1996 durch die Unterzeichnung eines Friedensvertrages formell für beendet erklärt wurde.
Der Krieg hatte bis zu diesem Zeitpunkt mehr als 200.000 Menschen das Leben gekostet und über 1 Million Flüchtlinge geschaffen. Besonders durch General Efrain Ríos Montt bekam die Bekämpfung der indigenen Bevölkerung durch die Diktatur Züge eines Genozids. Ganze Landstriche wurden flächendeckend bombardiert. Allein im September 1982 wurden 9.000 Mayanachkommen ermordet.
Ohne die maßgebliche Förderung durch logistische und materielle Hilfe (Waffen getarnt als "humanitäre Hilfe") der USA wäre der Genozid in dieser Form sicher kaum möglich gewesen. Nur Jimmy Carter unterbrach diese "humanitäre Hilfe" für kurze Zeit.
Guatemala wurde im Oktober 2005 von Ausläufern des Hurrikans Stan schwer getroffen, über 1.000 Menschen kamen durch Überschwemmungen, Erdrutsche und Schlammlawinen ums Leben.