Der gebirgige Charakter des Landes machte das Flugzeug zu einem wichtigen Transportmittel. Drei internationale Flughäfen und über 100 kleine Flugplätze sind in Betrieb. Die Inlandsfluggesellschaften Isleña Airlines, Aero Honduras, Atlantic Honduras und Sosa Airlines verbinden Tegucigalpa täglich mit den Provinzstädten des Landes. Die anderen größeren Flughäfen sind San Pedro Sula (SAP) und La Ceiba (LCE) und Roatan Island Airport (RTB). Isleña Airlines und Sosa Airlines bieten Flüge auf die Insel Utila vor der Karibikküste an. Es gibt über 30 Flugplätze für Geschäfts- und Charterverkehr. Auch abgelegene Regionen werden regelmäßig von Leichtflugzeugen angeflogen.