Die Gegend des modernen Indonesiens entwickelt sich ab dem Pleistozän, wo die heutige Inselregion noch mit dem asiatischen Festland verbunden war. Das Archipel entstand dann während der Tauperiode nach der ersten Eiszeit. Das Land ist vulkanisch geprägt und dadurch sehr gebirgig. Ein Ausläufer des Pazifischen Feuerrings verläuft quer durch Indonesien und führt zu teilweise großer seismischer Aktivität. Trotz der Bedrohungen durch Seebeben und die häufig noch aktiven Vulkane (zuletzt waren am 8. Juni 2004 der Mount Bromo sowie einen Tag später der Mount Awu ausgebrochen – zwei Tote, fünf Verletzte, seit Anfang 2006 entwickelt einer der gefährlichsten Vulkane der Welt, der Merapi in Zentral-Java, bedrohliche Aktivitäten) sind einige Inseln, insbesondere Java, dicht besiedelt, da der Boden fruchtbar ist und eine intensive landwirtschaftliche Nutzung ermöglicht