Indonesien zählt zu den größten Regenwaldgebieten der Welt. Auf Borneo, Sumatra, Westjava, Papua, den Molukken und Sulawesi gibt es immerfeuchtes Tropen-Klima. Temperaturen schwanken im Jahresverlauf kaum und liegen im Mittel zwischen 25 °C bis 27 °C. Bei einer relativen Luftfeuchtigkeit von 90 % und vorherrschender Windstille spricht man auch von tropischer Schwüle. Die Niederschlagsmenge eines Jahres liegt zwischen 2000 mm und 4000 mm.
Auf dem übrigen Java, den kleinen Sundainseln und den Aruinseln bestimmt der Monsun das Klima. Er sorgt für gleichbleibend hohe Temperaturen, die aber innerhalb von 24 Stunden Schwankungen von 6 °C bis 12 °C unterliegen können. Der Nordostmonsun führt vorwiegend trockene Luft mit sich und löst dadurch eine Trockenzeit (Wintermonsun genannt) aus.
In dieser niederschlagsarmen Zeit werfen die Bäume ihre Blätter ab und durchlaufen eine Art Ruhephase, in der die sogenannten Monsunwälder (lichte, grüne Wälder mit einer ausgeprägten Krautschicht) entstehen. Der Südwestmonsun nimmt über dem warmen Meer Feuchtigkeit auf und führt über dem Festland zu hohen Niederschlägen, die am Tag bis zu 50mm erreichen können und oft zu Überschwemmungen führen.