Durch die geographische Lage beiderseits des Äquators besitzt Indonesien ein ausgesprochen tropisches Klima mit Monsunwinden, die von Juni bis September ein trockenes Klima mit wenig Regen und von Dezember bis März feuchte Luftmassen und viel Niederschlag mit sich bringen.
Die Wallace-Linie, zwischen Bali und Java bzw. Lombok und nördlich zwischen Kalimantan bzw. Borneo und Sulawesi trennt die Fauna und Flora biologisch zwischen Asien und Australien. Diese Trennlinie ist so benannt nach dem englischen Naturforscher Alfred Russel Wallace, der während seiner Reisen zwischen 1854 und 1862 festgestellt hat, dass bestimmte asiatische Säugetiere wie Elefanten, Tiger, Tapire und Orang Utan sehr wohl auf Sumatra, Java und Bali vorkommen, nicht aber auf Sulawesi, den Molukken und den kleinen Sunda Inseln.