86 % der Indonesier sind Muslime. Praktisch alle gehören der sunnitischen Richtung an. Es gibt in Indonesien insgesamt nur etwa 100.000 Schiiten. Viele Indonesier praktizieren eine synkretische Form des Islam. Anhänger dieser Form wurden vom Anthropologen Clifford Geertz als Abangan bezeichnet, im Gegensatz zu den vorgeblich orthodoxer lebenden Santri.
Mit über 191 Millionen Moslems ist Indonesien der Staat mit der größten muslimischen Population (anzumerken ist jedoch, dass manche Völker in Indonesien aufgrund der Staatsideologie Pancasila, die den Glauben an einen Gott vorschreibt, den Islam zwar als ihre offizielle Religion angeben, jedoch Animismus praktizieren).
23 Millionen Indonesier[1] also 9 % der Bevölkerung sind Christen (ca. 6 % evangelisch und 3 % römisch-katholisch). Das Christentum kam bereits vereinzelt im 15. Jahrhundert auf die Insel, doch viele nicht islamisierte Völker wie die Toraja oder die Batak konvertierten in Folge von Missionierung erst im 19. und 20. Jahrhundert zu der Religion. Bei der Missionierung der Batak spielten deutsche Missionare die entscheidende Rolle. Ausnahmen sind die Bewohner des heutige Nusa Tenggara Timur sowie der Molukken (Gewürzinseln) welche bereits im 16. und 17. Jh christianisiert wurden. In einigen Gebieten Indonesiens sind Christen aufgrund der Missionierung in der Mehrheit. Katholisch ist vor allem der Osten Indonesiens (Flores, Timur) geprägt. Protestantische Gebiete sind Nordsumatra und Nordsulawesi. Abgesehen davon leben viele Christen auch in den Großstädten Javas und Sumatras. Die Zusammenstöße zwischen Christen und Muslime haben in den Jahren 2000 bis 2001 über tausend Personen das Leben gekostet.
Allerdings hat der Ahnenkult und Geisterglaube nach wie vor einen großen Stellenwert bei vielen Indonesiern, gleichwohl sie Muslime, Christen, Hindus oder Buddhisten sind.
1,8 % der Bevölkerung sind Hindus (Bali, Lombok) und 1 % Buddhisten (meist Angehörige der chinesischen Minderheit).