Am 17. August 1945 rufen Sukarno und Mohammed Hatta die Unabhängigkeit Indonesiens aus (Staatsname: Indonesia). Mit den Grundsätzen der Pancasila gibt sich der Staat eine eigentümliche Verfassung. Der Einfluss der Republik Indonesien erstreckt sich zunächst auf die Inseln Java, Sumatra und Madura. Die übrigen Inseln werden von den Niederländern gehalten. Erster Präsident der Republik Indonesien wird Sukarno. Von Juli 1947 bis Dezember 1948 besetzen die Niederländer weite Territorien der aufständischen Republik. Deren Gebietshoheit beschränkt sich nur noch auf Zentraljava und das Hochland von Sumatra.
Die aufständischen Indonesier antworten mit Guerillakrieg. Am 18. Dezember 1948 gelingt es den Niederländern, Sukarno und fast die ganze Regierung zu verhaften. Da die USA bei Ausweitung der Kämpfe eine kommunistische Machtübernahme befürchten, drängen sie die Niederlande zum Nachgeben. Am 25. April 1949 wird die bis 1956 bestehende Niederländisch-Indonesische Union gebildet, am 27. Dezember wird die Unabhängigkeit der Republik Indonesien (neuer Staatsname: Republik Indonesia Serikat) von den Niederlanden anerkannt, der niederländische Teil von Neuguinea West-Papua bleibt jedoch unter niederländischer Verwaltung.
17. August 1950: Das seit der Unabhängigkeit föderal strukturierte Indonesien wird in einen Einheitsstaat umgewandelt (neuer Staatsname: Republik Indonesia). Der christliche Teil der Bevölkerung der Molukken proklamiert die unabhängige Republik Maluku Selatan. Der Sezessionsversuch wird von der indonesischen Armee jedoch mit Waffengewalt unterdrückt. Indonesische Truppen besetzen im November die Hauptstadt Ambon und erobern bis 1955 die gesamte Republik Maluku Selatan.
15. Februar 1956: Indonesien kündigt die 1949 geschlossene Union mit den Niederlanden.
1. Mai 1963: West Papua kommt unter der Bezeichnung Irian Barat entsprechend dem New Yorker Abkommen unter indonesische Kontrolle.
16. September 1963: Die Gründung Malaysias und die Eingliederung von Sabah und Sarawak in die malaysische Föderation führt zu ernsthaften Spannungen mit Indonesien. Bis 1966 kommt es immer wieder zu Kämpfen auf Borneo. Malaysia wird dabei von Großbritannien und Australien mit Truppen unterstützt.
30. September 1965: Die zunehmende Willkürherrschaft des Sukarno-Regimes provoziert einen angeblichen kommunistischen Umsturzversuch (G30S/PKI). Dieser scheitert an einem Gegenputsch rechtsgerichteter Armeeangehöriger, in dessen Verlauf zwischen 100.000 und einer Million Menschen umgebracht werden, vor allem tatsächliche oder vermeintliche Anhänger der kommunistischen Partei Indonesiens (PKI) und Chinesen (Völkermord an den Chinesen Indonesiens). Dies gilt als einer der größten politisch motivierten Massenmorde der jüngeren Geschichte. Die Vorgänge sind bis heute nur unzureichend untersucht, daher sind genaue Angaben zur Zahl der Opfer nicht möglich.
1. Januar 1966: Währungsreform: 1000 alte Rupiah = 1 neue Rupiah = 100 neue Sen.
11. März 1966:Der Oberbefehlshaber der Kostrad-Brigaden Suharto erzwingt von Sukarno die Vollmacht zur Regierungsbildung.
12. März 1967: Suharto wird „geschäftsführender Staatspräsident“; Sukarno bleibt nominelles Staatsoberhaupt.
27. März 1968: Suharto übernimmt auch formal das Amt des Staatspräsidenten.
1969: West-Papua (Irian Barat) wird durch den Act of Free Choice genannten, mit Unterstützung der UNO manipulierten Volksentscheid indonesische Provinz und erhält den Namen „Irian Jaya“.
21. Juni 1970: Tod des Staatsgründers Achmad Sukarno.
5. August 1973: Anhaltende soziale Spannungen entladen sich in Rassenkonflikten, die sich gegen die chinesische Minderheit richten.
28. November 1975: Portugal zieht sich aus seiner Kolonie Ost-Timor zurück. Die „Revolutionäre Front für die Unabhängigkeit von Ost-Timor“ (FRETILIN) ruft die Unabhängigkeit aus (wirksam erst am 20. Mai 2002).
2. Dezember 1975 überfallen in den Niederlanden extremistische Mitglieder der 35.000 dort lebenden Ambonesen (Süd-Molukken) einen Zug und am 4. Dezember das indonesische Generalkonsulat in Amsterdam und nehmen Geiseln mit dem Ziel, dass sich die niederländische Regierung für die Ambonesen in Indonesien einsetzt. Vier Geiseln werden erschossen. Die niederländische Regierung bleibt hart, die Ambonesen geben am 19. Dezember auf.
7. Dezember 1975: Staatschef Suharto befiehlt die militärische Invasion Osttimors. In den folgenden Wochen werden 60.000 Menschen getötet, 10 % der Bevölkerung.
17. Juni 1976: Osttimor wird dem indonesischen Staatsverband eingegliedert. Auf Sumatra wurde die Wiederstandsbewegung ASNLF gegründet.
11. November 1981: Die UN-Generalversammlung fordert für Osttimor das Selbstbestimmungsrecht.