Nach Bildung eines Übergangsrates Ende 2003 wurde der bis dahin von der Koalitions-Übergangsverwaltung ausgeübte Verwaltungsauftrag am 28. Juni 2004 einer irakischen repräsentativen Übergangsregierung übertragen. Die Truppen und Logistik der Besatzungsmächte in einer Stärke von etwa 150.000 Soldaten sollen aber vereinbarungsgemäß noch ein bis zwei Jahre im Irak stationiert bleiben. Der Irak befindet sich politisch seitdem in einem Übergangszustand: Nach diesem dritten Golfkrieg sind die früheren Machtstrukturen, insbesondere der Revolutionäre Kommandorat, nicht mehr vorhanden, aber die neuen Verhältnisse, damals noch zwischen der westlichen Besatzung, der Zivilverwaltung und dem Irakischen Regierungsrat, waren nicht endgültig etabliert.
Nach ersten Planungen sollte der ehemalige US-General Jay Garner, der 1991 die kurdische Schutzzone eingerichtet hatte, den Vorsitz einer vorläufigen Regierung im Irak übernehmen. Wenige Wochen nach seiner Etablierung änderte man jedoch die Strategie: US-Präsident George W. Bush benannte am 6. Mai 2003 L. Paul Bremer III. zum Zivilverwalter. Der Irak wird im September 2003 in vier Besatzungszonen eingeteilt: zwei amerikanische im Norden, eine polnische im zentralen Süden und eine britische im äußeren Süden des Landes. Der algerische UNO-Sonderbeauftragte Lakhdar Brahimi vermittelte zwischen verschiedenen Parteien für eine irakische Übergangsregierung, die am 1. Juni 2004 entstand, um ab dem 30. Juni die Macht zu übernehmen. Am 30. Januar 2005 wurden im Irak die ersten freien und allgemeinen Wahlen seit über 40 Jahren abgehalten.
Beim Aschura-Fest am 2. März 2004 kam es zu einer verheerenden Anschlagserie, es gab 271 Tote und 393 Verletzte, die meisten waren schiitische Gläubige, für die Kerbala ein Wallfahrtsort ist. Es wurde eine dreitägige Staatstrauer angeordnet. Am 4. März 2004 erhoben die USA den Vorwurf, der Terrorist Abu Musab az-Zarqawi oder die Al-Qaida nah stehende Terrororganisation Ansar al Islam seien die Drahtzieher der Anschläge gewesen.
Am 11. Oktober 2006 verabschiedete das Irakische Parlament ein neues Förderalismusgesetz, das die Schaffung sogenannter weitgehend autonomer „Super-Provinzen“ vorsieht. Kritiker dieses Gesetzes, vornehmlich die sunnitische Minderheit, sehen darin eine Bedrohung für die irakische Einheit. [14]
Am 12. April 2007 erschütterte eine Explosion das Parlamentsgebäude in der stark gesicherten Grünen Zone in Bagdad. Nach ersten Pressemeldungen kamen dabei mindestens zwei Abgeordnete ums Leben. Einige Stunden zuvor war bereits bei einem Selbstmordanschlag, dem ebenfalls mehrere Menschen zum Opfer fielen, eine wichtige Tigris-Brücke in Bagdad zerstört worden.[15] Wenige Tage später, am 18. April 2007, trafen fünf weitere Anschläge die irakische Hauptstadt. Allein die Detonation einer Autobombe nahe dem Marktplatz im Sadrija-Viertel kostete 127 Menschen das Leben. Insgesamt forderten die Attentate über 230 Todesopfer.[16]