In der Länge misst das Land vom Norden bis zum Süden 470 km. Die breiteste Stelle des Landes misst 135 km, die schmalste nur 15 km. Israel lässt sich in vier Regionen einteilen: Die Mittelmeerküste, die Hügellandschaft im Zentrum, das Jordantal und die Negev-Wüste.
Die Küstenebene verläuft von der libanesischen Grenze nach Gaza im Süden, nur vom Carmel Kap in der Bucht von Haifa unterbrochen. Um Gaza ist sie etwa 40 Kilometer breit und wird gegen Norden immer schmaler, so dass sie an der libanesischen Grenze nur noch 5 Kilometer breit ist. Sie ist fruchtbar und subtropisch und wird für den Anbau von Wein und Zitrusfrüchten genutzt. Die Ebene wird von mehreren kurzen Flüssen durchzogen, von denen nur zwei, der Jarkon und der Kischon ganzjährig Wasser führen.
Östlich der Küste, im Zentrum des Landes schließt sich eine Hügellandschaft an. Im Norden liegen die Berge und Hügel des oberen und unteren Galiläa, weiter im Süden schließen die Hügel von Samaria an, wo es viele fruchtbare Täler gibt. Im Süden von Jerusalem schließlich liegt Judäa mit seinen recht unfruchtbaren Hügeln. Die Hügellandschaft liegt im Durchschnitt 610 Meter über dem Meeresspiegel und erreicht in Galiläa mit dem Berg Meron (1208m) ihren höchsten Punkt. Viele Täler durchschneiden die Landschaft in Ost-West-Richtung. Das größte ist die Jesreelebene (biblisch als Tal Esdrelon bezeichnet), welches sich von Haifa aus 48 km in südöstlicher Richtung bis zum Jordantal erstreckt. Es ist an seiner breitesten Stelle 19 km weit.
Im Osten der Hügellandschaft liegt das Jordantal, welches einen kurzen Abschnitt des 6500 km langen Großen Afrikanischen Grabenbruchs darstellt. Der Jordan, mit 322 km Israels längster Fluss, wird aus den Quellflüssen Dan, Banijas und Hasbani im Norden des Landes gespeist. Die Banyas-Quelle ist eine bekannte Touristenattraktion durch ihre einzigartige, subtropische Landschaft. Der Jordan fließt südlich durch die Huleebene in den See Genezareth (hebr. ים כנרת - Jam Kineret). Der See hat eine Fläche von 165 km² und liegt etwa auf 213 Metern u. N.N. Mit einem Speichervermögen von 3 km³ ist er das wichtigste Wasserreservoir des National Water Carrier. Der Jordan fließt im Süden des Sees Genezareth ab und endet schließlich im Toten Meer, das ein extrem salzhaltiger und abflussloser See ist. Das Tote Meer, das sich Israel mit Jordanien teilt, ist der tiefste Punkt der Erdoberfläche. Es liegt 418 Meter unter dem Meeresspiegel und hat eine Fläche von 1020 km². Im Süden des Toten Meeres führt der Grabenbruch mit der Arava-Senke, die über 170 km keinen dauerhaften Wasserfluss besitzt, bis zum Golf von Akaba.
Der Negev hat eine Fläche von ca. 12.000 km² und stellt damit mehr als die Hälfte von Israels Landfläche dar. Geographisch gehört er zur Sinai-Wüste. Die Wüstenregion beginnt im Norden etwa auf der Höhe von Beerscheba und endet bei Eilat, der südlichsten Stadt Israels. Die Grenze zu Jordanien bildet die Arava-Senke.
Extreme Höhenunterschiede
Niedrigster Punkt: Totes Meer -418 m
Höchster Punkt: Berg Hermon bei 2248 m auf dem Golan, bzw. Berg Meron bei 1208 m