Das Klima in Israel wird bestimmt durch seine Lage zwischen der subtropischen Trockenheit der Sahara und der arabischen Wüsten einerseits und der subtropischen Feuchtigkeit der Levante andererseits. Obwohl Israel nur ein kleines Land ist, hat es mehrere Klimazonen. Das Klima ist von der Entfernung zum Mittelmeer, von der Höhe und der Geographischen Breite abhängig. Im Norden gemäßigt und bewaldet, ist Israel im Süden heiß und wüst. Insgesamt sind 50 % des Landes Steppe und Wüste, wobei die Negev-Wüste die größte Fläche darstellt. An der Küste zum Mittelmeer herrscht das subtropische Mittelmeerklima, das sich durch trockene, heiße Sommer und regenreiche, milde Winter auszeichnet.
Der Januar ist der kälteste Monat mit Durchschnittstemperaturen zwischen 6° C bis 15° C, Juli-August sind mit 22° C bis 33° C die heißesten Monate. Die Sommer sind an der Mittelmeerküste von hoher Luftfeuchtigkeit geprägt, im Inneren des Landes, dem Jordantal und dem Negev jedoch recht trocken. In Eilat werden oft die höchsten Temperaturen erreicht z. T. bis zu 46° C. Mehr als 70 % des durchschnittlichen Regens fällt zwischen November und März. Von Juni bis September fällt normalerweise keinen Regen. Die Niederschlagsmenge nimmt von Nord nach Süd stark ab, so dass im extremen Süden im Durchschnitt nur 30 mm, im Norden mehr als 900 mm im Jahr erwartet werden können. Besonders im Negev variiert die Niederschlagsmenge von Jahr zu Jahr sehr stark. Im Winter kann es in den höheren Regionen zu Schnee kommen, auch ab und an in Jerusalem. Der Hermon ist saisonbedingt über mehrere Monate auf seinen drei Gipfeln von Schnee bedeckt.
Die Gebiete mit Niederschlägen von mehr als 300 mm im Jahr werden besonders intensiv landwirtschaftlich genutzt. Etwa ein Drittel des Landes kann bebaut werden.
Unwetter und Hagel sind in der regnerischen Zeit üblich und Wasserhosen können die Mittelmeerküste treffen, richten aber nur sehr geringe Schäden an. Allerdings wurde am 4. April 2006 der Westen Galiläas von Gewitterzellen und einem F2 Tornado getroffen, der größere Schäden verursachte und durch den 75 Personen verletzt wurden.